Южную цепь Центрального Алтая с востока ограничивает Южно-Чуйский хребет. Он отделён от восточной части Катунского хребта теснинами Аргута, от Северо-Чуйского хребта - долиной Карагема, с юга - долиной реки Джазатор, с востока - рекой Чуей и ее притоками.
Основной водораздельный хребет вытянулся с запада на восток на 120 км, от него отходят на север восемь больших отрогов, служащих водоразделами Кара-Айры и притоков рек Ошту-Айры и М. Кара-Айры, Калынагач, Ат-баши, несущие свои воды на север в Чую. Южные склоны хребта прорезают реки Онгулу, Бара с притоками, Мангат с притоками и другие правые притоки рек Джазатор и Аргут.
Главное оледенение несет центральная часть хребта от реки Кара-Айры до Елангаша. Она отличается резко расчленённым рельефом с высотами до 3700 м. На флангах центральной части хребта возвышаются вершины Иикту (3936 м) и Тымому (3960 м). Главные ледники - Кара-Айры, Талдуринский, Софийский, Ядринцева.
Скульптурные формы рельефа, созданные древним оледенением, почти полностью уничтожены выветриванием и речной эрозией. В долинах широко представлены следы аккумулятивной деятельности ледников (морены, каменные глетчеры).
Всего на Южно-Чуйском хребте более 220 ледников, большая часть их расположена на северных склонах. Ближе к восточной части хребта рельеф становится более спокойным, седловины более выражены и сглажены.
Определяющие перевалы района - 1Б и 2А категорий, есть несколько перевалов и 2Б и один 3А категории трудности. Расположены перевалы в основном в главном хребте и в северных отрогах. В Северо-Чуйском хребте, и в смысле возможностей проведения горных походов этот район пока уступает Катунскому и Северо-Чуйскому.
Для всего хребта характерны следующие особенности. Во-первых, южные склоны круче северных и имеют более короткие отроги. Во-вторых, оледенение южного склона значительно меньше северного. В-третьих, хребет очень беден древесиной растительностью, сосредоточенной лишь по долинам реки Джазатор и притоков Карагема, Талдуры и Чаган-Узуна. В-четвёртых, климат района значительно суше и контрастнее, чем в Катунском и Северо-Чуйском хребтах.
Снеговая линия повышается с запада на восток с 2900 до 3100 м, на южных склонах она на 100-150 м выше.
Основная часть ледников, характеризующихся большими морфологическими различиями, находится на северных склонах хребта. Центральное место занимают ледники Бол.Талдуринский (8,5 км; 34,9 кв. км), Софийский (10; 24), Ядринцева (4,5; 9,2). Основу же ледников составляют обширные фирновые поля, сливающиеся друг с другом. Однако ослабленное по сравнению с Северо-Чуйским хребтом питание не позволяет развиваться здесь значительным ледниковым языкам. Все они оканчиваются довольно высоко (2 350-2 650 м).