В целом для Алтая характерен континентальный тип климата с отчётливо выраженным контрастом между тёплым непродолжительным летом и холодной зимой, обусловленный внутриконтинентальным положением территории.
Над Алтайским краем, расположенным почти в самом сердце Азии, большую часть года господствуют воздушные массы, формирующиеся в условиях длительного охлаждения континента. Чем дальше от гор, тем больше вероятность нарушения антициклонального режима поступающими воздушными массами с Атлантики или из Полярного бассейна.
Внутриконтинентальное положение Алтайского края, сложный рельеф гор и господство зонального переноса воздуха определили не просто пестроту местных климатов, но их чрезвычайную контрастность и в пространстве и во времени. Для северной части типично недостаточное увлажнение, тёплое лето и умеренно суровая малоснежная зима. Южная (горная) часть достаточно увлажнена, лето умеренно тёплое, зима умеренно суровая, снежная. Восточная часть Алтая отличается очень суровой зимой. Алтай характеризуется значительной высотой солнца летом (60-66 градусов) и длинным, до 17 часов, днём. В зимнее же время солнце едва достигает 20 градусов высоты, а день становится более чем в два раза короче.
В зимнее время стоит, как правило, ясная морозная погода, изредка сменяющаяся пасмурной, с метелью. Наличие глубоких долин и котловин способствует образованию инверсионных условий: на склонах и высоких вершинах в январе (самый холодный месяц года) может быть до 15-20 градусов мороза, в то время как внизу, в котловинах, неподвижный прозрачный воздух выстывает до минус 40-50 градусов. Самое холодное место Алтая - Чуйская степь, где средняя температура января составляет минус 32, а абсолютный минимум - минус 62 градуса. В целом горные районы края выступают тёплым островом среди залитых холодным воздухом равнин и предгорий. Иногда антициклональная погода сменяется с приходом воздуха с юго-запада и запада облачной со слабыми ветрами. Ближе к весне усиливаются циклоническая деятельность и вынос тёплого воздуха из Средней и нагорной Центральной Азии.
Летом край находится под влиянием воздушных масс арктического происхождения, прогревающихся над Западной Сибирью. С ними связана прохладная и дождливая погода. Нередко в середине лета на окружающих горы равнинах устанавливается жаркая погода и тогда горы с их более прохладным климатом способствуют активизации образования осадков. Из-за веерообразного расположения хребтов приходящие потоки влажного воздуха проникают в глубь гор, образуя мощную облачность. В высокогорье в летнее время часты дожди и грозы, много дней с ненастной погодой, нередки снегопады.